Juan Francisco Guillén Isso nació el 8 de Enero de 1686 en Undués de Lerda. Su padre Juan Guillén Arboniés y su madre Catalina de Isso trajeron al mundo a Juan Francisco en la casa familiar, un palacio del S. XVI situado junto a la Iglesia, en la plaza de la Herrería. Este magnífico edificio, sede actual del ayuntamiento de Undués, refleja el poder económico de la familia Guillén-Isso. El edificio se le designa hoy en día como ayuntamiento o la capellanía. Sin embargo, cuando nació Juan Francisco se le conocía como la casa de Juan Guillén, en alusión a la familia.

Fruto del  matrimonio entre Juan y  Catalina, nacieron  tres hijos, de los cuales Juan Francisco fue el mayor. Su hermana María Josepha nació el 29 de Abril de 1688. Su hermano pequeño Pedro nació el 29 de Junio de 1691. No tenemos más datos biográficos de su hermana. Sin embargo, la vida de su hermano Pedro estuvo ligada a la iglesia, llegando a ser sacristán y limosnero mayor del cercano monasterio de San Juan de la Peña. Su madre Catalina se casó en segundas nupcias con Jorge Zamborán y tuvieron una hija María Catalina Zamborán Isso. Sus abuelos paternos, Juan Guillén y María Arboniés, también habían tenido 3 hijos: Juan (30/07/1652), Juan Franciso (18/09/1655) y María (04/10/1657). Su Tío Juan Francisco Guillén Arboniés fue presbítero y  una de las personas que marcó al joven Juan Francisco. Las notas sobre la genealogía de Juan Francisco se pueden encontrar en la página Genealogía

El recién nacido fue bautizado en la iglesia parroquial de San Martín Obispo de Tours de Undués de Lerda. El nombre de Juan estaba muy arraigado entre la familia Guillén, por ello no hubo dudas  por el nombre que había que elegir para el joven retoño. En el libro I de bautizos de la parroquia de Undués de Lerda podemos encontrar el asiento hecho por el vicario, dice así:

En ocho de enero de 1686, bauticé, el infrascrito Moss. Juan de Ruesta, Vicario de esta Parroquia, a un niño llamado Juan. Hijo de Juan Guillén y Catalina de Isso, cónyuges. Fueron sus padrinos: Juan Zamborán y María Meoz. Y para que conste rogué a D. Gabriel Sanz, vicario de Rocaforte, lo asiente en mi nombre por hallarme en cama.

Poco más sabemos sobre su infancia. Tan sólo nos ha llegado un suceso que acredita que al menos durante sus primeros años de vida Juan Francisco residió en el pueblo de Undués. El suceso data de cuando Juan Francisco tenía 5 años de vida. El niño se perdió y fue hallado en el castillo de Javier, a 5 km de distancia del pueblo, lugar de nacimiento de San Francisco Javier apóstol de la India. Nadie supo como un niño tan pequeño había recorrido esa distancia y cual fue el motivo de llegar hasta allí. Juan Francisco pasó la noche en dicho castillo de Javier y fue hallado al día siguiente en la puerta del oratorio, cual nuevo Saul. Este suceso le acompañó durante toda su vida, haciéndose referencia incluso en su obituario.

Juan Francisco quedó huérfano de padre a una edad temprana (5-6 años). No hemos encontrado en el libro de defunciones de la iglesia de Undués asiento de este suceso. Su madre Catalina se casó en segundas nupcias con Jorge Zamborán. De este matrimonio nació una hija María Catalina Zamborán Isso. Esta hermana materna de Juan Francisco también fue importante en su vida, como veremos en posteriores capítulos de su vida. La orfandad de Juan Francisco llevó a su tío paterno, Juan Francisco Guillén Arboniés, a hacerse cargo de él. Así,  se lo llevó para ocuparse de su educación y de su futuro. Este hecho marcó definitivamente la vida del joven Unduesino y le abrió un mundo de posibilidades, las cuales aprovechó con astucia y determinación. El tío Juan Francisco Guillén Arboniés ocupaba por aquel entonces la vicaría de la villa de Embún. Cargo que ejerció desde principios de 1686 hasta 1695 que fue trasladado como rector de Arbués donde murió en 1718. Además, era secretario y persona de confianza del Obispo de Jaca Miguel Frías y Espinel.

Nuestro joven Juan Francisco marchó con su tío a Embún, aunque allí no estuvo mucho tiempo. Resultó que en una vista que realizó el obispo Frías a dicha villa de Embún, posiblemente a principios de 1692, se quedó maravillado de su talento y modestia. Por ello, decidió llevárselo a su palacio como un familiar más, teniendo en cuenta su educación y enseñanza. El obispo Frías se convirtió en su confesor y maestro espiritual. Fue además la persona a la que imitó en virtudes. Miguel Frías es recordado como un obispo con grandes virtudes, entre las que destacan la pobreza, el celo, el fervor, la caridad, la humildad y el desinterés. Los pobres eran su debilidad, tratándolos como iguales y socorriéndolos en cuanto podía. Cualidades que, como veremos, el joven Juan Francisco aprendió de su maestro desde temprana edad y fueron las que marcaron toda su vida. Tanto su tío Juan Francisco Guillén Arboniés como el obispo Miguel Frías fueron las personas que influyeron decisivamente en la vida de Juan Francisco. Siempre los tuvo en alta estima, los llamaba su «querido tío» y «su santo amo» y se conmovía, aún siendo mayor, cuando los recordaba.

El obispo de Jaca se preocupó por el futuro del joven Juan Francisco. Así, le otorgó una capellanía en la villa de Canfranc, la cual le reportaba unas importantes rentas para su subsistencia. El 1 de Junio de 1692 el Obispo Miguel Frías se trasladó a Zaragoza, ya que fue nombrado diputado del brazo eclesiástico del Reino de Aragón. El joven Juan Francisco, con apenas 6 años de edad, también viajó a Zaragoza donde residirá por el periodo de un año. Pasado este año el obispo y su séquito se trasladaron de nuevo a su palacio episcopal en la villa de Jaca. Durante estos primeros años estudió gramática bajo la tutela del obispo. Juan Francisco contaba entonces con 7 años, no tenemos más noticias de él hasta el año 1700. Suponemos que este periodo de los 7 a los 14 años, durante el cual residió en Jaca, lo aprovecharía para su formación y así afrontar los retos que tendría que superar en los años venideros.