Los siglos de la baja edad media (S. XI-XV) fueron decisivos para el futuro de Undués, Lerda y Serramiana. Diversas invasiones que recorrieron el vallecico de Lerda e importantes cambios geopolíticos hicieron que al final de la edad media sólo Undués de Lerda quedara como único lugar habitado.

La primera parte del siglo XI estuvo marcada por el reinado del monarca Pamplonés Sancho III, el mayor (1004-1035). Este monarca reconquistó definitivamente a los musulmanes plazas que habían sido perdidas durante el siglo X a lo largo de la sierra de Peña, inmediatamente al sur de la Valdonsella. A su muerte, el reino de Pamplona fue dividido entre sus cuatro hijos. A su hijo mayor, Ramiro, le correspondió el condado de Aragón. Este embrión del reino de Aragón tenía sus límites en el Alto de Santa Cruz y la sierra de la Sarda, quedando el actual municipio de Undués de Lerda en el reino de Navarra y haciendo frontera con el condado de Aragón. Pocos años después (1054) Ramiro expandió su reino hacia el Este, quedando así el pueblo de Undués de Lerda en el reino de Aragón. Esta pertenencia a la corona de Aragón ya no se perderá a lo largo de la historia.

El siglo XII cambió por completo la vida en la zona de la Valdonsella. Hasta entonces, la Reconquista no se había extendido más allá de la villa de Sádaba. Sin embargo en este siglo el monarca Alfonso I (1104-1134), el batallador, llevo en poco tiempo la marca de la Reconquista hasta las tierras del valle del Ebro, y posteriormente hasta Medinaceli y Sigüenza donde se fijó. Las nuevas tierras reconquistadas eran muy diferentes. No servían los modelos productivos ni los habitantes de las tierras montañesas. Esta nueva situación hizo que las tierras del norte como la Valdonsella vieran mermadas su población y una pérdida de interés por parte de la alta nobleza. Esto trajo consigo un declive de estas villas.

En estos siglos comienza la concentración de la población que había diseminada en pequeños núcleos en la Valdonsella y zonas limítrofes para así crear villas mayores y que su defensa fuera más fácil. Así, el primer intento de despoblar Undués se produjo en 1175. Con autorización del Alfonso II de Aragón, el abad del monasterio de Leyre quiso formar una amplia población en Lerda, concentrando los habitantes de Undués y Serramiana. Para ello se les daban importantes privilegios a los habitantes que accedieran a este cambio de residencia. Sin embargo, el plan del abad fracasó.

A finales del S. XIII se produjo una gran tensión bélica en la frontera Navarro-Aragonesa. Se produjo una invasión Navarra en la zona de la Valdonsella, llevándose la peor parte la villa de Lerda, la cual fue saqueada. Esta villa no fue reconstruida y pudo ser este hecho el que marcara su despoblamiento.

Las tensiones entre los reinos de Navarra y Aragón siguieron intensificándose durante el siglo XIV.  Para evitar invasiones, como la producida a finales de S. XIII, en la zona de la Valdonsella, el rey Jaime II de Aragón (1291-1327) decidió fundar una villa en la zona entre Sangüesa y Sos del Rey Católico. La nueva plaza fuerte se fundó en 1302 y se denominó La Real. Para su fundación se quiso, una vez más, agrupar habitantes de lugares cercanos. Así se planeó que las gentes de las villas cercanas de Añués, Lerda, Ul, Filera y Undués cabo Lerda se desplazarán a la nueva villa de La Real. Una vez más el pueblo de Undués se quería despoblar y una vez más este despoblamiento no se produjo debido a que los infanzones de la villa no quisieron desplazarse a La Real. Para ello firmaron un manifiesto por el cual se comprometían a defender la nueva villa en caso de conflicto bélico, pero ellos  a cambio permanecerían en el pueblo. Este documento data de 1315 y aun se conserva en el archivo parroquial de la iglesia de San Martín de Undués de Lerda.

La suerte de Lerda y de Serramiana fue diferente a la de Undués.  En un siglo la villa de Lerda sufrió varias invasiones y además se invitó a su población a trasladarse a La Real. Por ello a partir de 1366 no se han encontrado más referencias de esta villa. La situación de Serramiana fue diferente a la de Lerda. Su término municipal se junto con el de la villa de Tiermas cuando ésta se fundó a principios del siglo XIII. Aunque este lugar no quedó totalmente despoblado como veremos posteriormente, si que puede ser que su población quedará muy mermada tras la fundación de Tiermas.

El día 1 de Setiembre de 1469 el señor Fernando de Alvarado adquirió la villa de La Real y todos sus términos. La familia Alvarado se convierte así en los nuevos señores de la villa de La Real y de Undués. El pueblo entra así en una etapa de señorío marcado por la pertenencia a la familia Alvarado