D. Juan Francisco Guillén Isso procede de dos casas ilustres del municipio de Undués de Lerda: los Guillén y los Isso. Tenemos constancia del apellido Guillén en el pueblo desde 1652, cuando nace en Undués Juan Guillén Arboniés, padre de Juan Francisco Guillén Isso. El apellido Isso lo tenemos constatado desde 1638. Fecha en la que nace María Isso Pérez, tía materna de D. Juan Francisco. No tenemos constancia de que tanto los abuelos paternos (Juan Guillén y María Arboniés) como los maternos (Antón Isso y María Pérez) nacieran en Undués de Lerda. Sin embargo, seguro que todos ellos residían en el municipio, ya que todos sus hijos nacieron en el mismo.

La madre de Juan Francisco, quedó viuda y se caso en segundas nupcias con Jorge Zamborán. De este matrimonio nació en 1697 María Catalina Zamborán Isso, hermanastra de Juan Francisco Guillén, quién se casó con Jorge Mateo de Lobera, descendiente de la Casa de Lobera de Bailo (Huesca). Este matrimonio tiene varios hijos, pero uno de ellos Miguel de Lobera Zamborán (1723 – 1795) será importante en la vida de Juan Francisco. Este sobrino, también eclesiástico, se convertirá en su mano derecha y le acompañará en Canarias durante todo su obispado. A la muerte de Juan Francisco Guillén dejó como uno de sus testamentarios y herederos a su sobrino Miguel de Lobera Zamborán.

Esta genealogía queda reflejada en el escudo de armas de Juan Francisco Guillén. El campo del escudo es cortado y en la parte superior partido, resultando en tres cuarteles. El primer cuartel (superior izquierdo) contiene la armas de los Guillén. En el segundo cuartel (superior derecho) se representan las armas de los Roncalés. El tercer cuartel (parte inferior del escudo) contiene las armas de los Isso. Al timbre una cruz con dos travesaños y el sombrero de arzobispo adornado con diez borlas a cada lado.  Esos son los símbolos de los arzobispos primados. Este escudo lo podemos ver representado en dos lugares de Undués de Lerda. El primero es en la fachada del actual Ayuntamiento de Undués. Este edificio fue la casa de los Guillén. El segundo lugar corresponde al frontal de la Capilla de la Virgen del Pilar que fue construida en la iglesia de San Martín Obispo de Tours a expensas de parte de la herencia del D. Juan Francisco Guillén Isso. La fama de este escudo de armas dice así: «Muchos héroes he aclamado y solo Guillén me ha cansado»